ISO9001质量管理体系作为一种新的管理标准对于提升企业的管理水平和企业的竞争力有着十分重要的作用。 但是这一标准体系的运用并不十分广泛， 在一些企业的应用中也存在一定的问题。
1、企业对于这ISO9001体系的认识不全面。
大多数企业领导者对于ISO9001体系的认识不全面， 引进这一体系仅仅是认为大多数企业都已经引进， 只是追赶潮流， 并没有充分发挥这一体系的作用，在日常管理中并没有运用这一标准进行管理。 企业管理者并没有充分认识到这一标准对于企业发展的重要性， 并没有针对这一标准制定出相应的管理制度和管理措施。 一些单位虽然设立了一定的制度，但是并没有实质性的措施，质量管理体系未能充分发挥其监督作用。
2、实际运行中存在问题。
质量管理体系ISO9001认证贯穿于企业管理的全过程，但是大多数企业对这一体系的认识并不全面，在实际的运行中，未能建立与日常工作相统一的管理制度，导致这一体系在实际的工作中存在问题。 一方面企业日常管理工作与ISO9001体系要求存在差距。 企业日常管理工作制度长期以来都已经形成了习惯， 一些体系认证管理制度与企业日常管理工作相冲突，大多数企业还是按照以往的工作制度进行，新的制度未能发挥应有的作用。 另一方面这一体系运行缺少保障制度。 虽然企业仅仅根据这一标准改善企业的管理方式和管理内容，但是由于这一体系缺少相应的保障机制，很多企业在实际的管理中还没有形成相对完善的保障机制。
3、工作人员素质有待于提高。
ISO9001质量管理体系有自己的标准体系，需要专业的管理工作人员贯彻执行。 企业管理人员需要一段很长的时间适应这一管理标准，但是现有企业工作人员还未能完全适应这一制度规范。 一方面工作人员对于这一规范的认识还有待于进一步完善，工作人员对ISO9001体系文件和标准的学习只停留在表面上，部分员工对自己在ISO9001体系运行中应充当什么角色并不太清楚。 另一方面企业缺少专业的质量管理体系执行人员和管理人员，导致这一体系在实际的运行过程中效果不理想。
