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鹅知道 | 穿山甲是中间宿主?靠谱,而且可能是东南亚的穿山甲

[摘要]从常理来看,动物越接近,病毒越共享,毕竟动物在分类上越接近,越意味着他们本身相似度高,基因相似度,细胞受体相似度都高,那么对于病毒来说,越容易感染。穿山甲,属于哺乳动物,这一点要更靠谱。

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据媒体报道,华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室教授沈永义、肖立华等科研人员,通过联合攻关,在新型冠状病毒潜在中间宿主的溯源上取得突破。他们的最新研究表明,穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主。

据了解,攻关团队通过分析1000多份宏基因组样品,锁定穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主;继而通过分子生物学检测,揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70%;进一步对病毒进行分离鉴定,电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构;最后通过对病毒的基因组分析,发现分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%。

对于这一发现,知乎答主、中国科学院遗传学在读博士李雷认为,穿山甲是中间宿主的可能性要大于之前有人猜测的蛇,毕竟穿山甲属于哺乳动物。

以下为知乎答主、中国科学院遗传学在读博士李雷撰文全文,新闻资讯稍作整理:

本文的核心内容来源于一篇名为《nCoV-2019 Spike Protein Receptor Binding Domain Shares High Amino Acid Identity With a Coronavirus Recovered from a Pangolin Viral Metagenomic Dataset》的论文,题目的意思是:通过对新型冠状病毒的spike蛋白受体结构域分析,发现新型冠状病毒的相似度和马来亚穿山甲病毒多样性的数据集十分相似。

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首先,什么是spike蛋白?冠状病毒为啥叫“冠状”病毒?其实就是因为它表面有一堆凸起的东西,就像帽子(冠)一样,所以才叫冠状病毒,而这个冠,就是spike蛋白(英文意思是尖、突)。

这是新型冠状病毒电镜下的照片:

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这是冠状病毒包膜上的一个刺突糖蛋白(S,Spike Protein),也就是大家目前认为病毒能够感染人的重要因素,这个蛋白的作用是识别并结合宿主细胞表面受体血管紧张素转化酶Ⅱ(ACEⅡ),从而介导病毒包膜与细胞膜融合。

比如当年SARS病毒就是通过s蛋白去结合人体的ACEⅡ相互作用而入侵人体的。目前各大机构对于新型冠状病毒的感染机制仍主要集中在这个s蛋白上。

通俗的理解就是:有了这家伙,病毒才能抓住细胞,否则就是滑不溜的粘不住,那自然也无法入侵了。所以,这篇研究就把目光瞄准了s蛋白,他们选择的是s蛋白的保守性。

之前,武汉病毒所的石正丽团队通过序列比对,认为病毒是来自于蝙蝠RaTG13 genome。作者比较石正丽研究员的文章时候发现,尽管这次病毒和蝙蝠相似度极高,高达96% 。

但是,spike病毒这个关键的东西结构域(S1 Receptor Binding Domain (RBD))却明显的不一样,尤其是在第350-530基酸序列,相似度仅有91%。

这么大差异,直接从蝙蝠到人身上,那难度太高了,毕竟相差太远,病毒感染也为难。一定有个中间宿主在发挥作用,让整个病毒在中间宿主上继续发生进化,直到其更容易感染人类。事实上,中间宿主是蝙蝠感染的常见历史,SARS、MERS等病毒都是蝙蝠通过中间宿主感染了人,所以这次大家也纷纷寻找新型冠状病毒的中间宿主。

论文作者决定去寻找一个更加接近的中间宿主,依靠的办法是生物信息学。他们把这次新型冠状病毒的序列丢到公共数据库上进行寻找,结果意外发现,这段序列,竟然和穿山甲的病毒库最像,高达97%的相似度,远超过和蝙蝠91%的相似度。

这个数据库是最近才发表的Malayan pangolins病毒数据库(PRJNA573298106)。这是截至目前为止,这段核心序列最高的比对率,大家可以理解为相似度——97%。

Malayan pangolins是什么?答案是,马来穿山甲。

这个结论可靠吗?

1、比蛇更可靠,因为穿山甲是哺乳动物。

之前有人认为是蛇,当然这个我认为是不可信的。从常理来看,动物越接近,病毒越共享,毕竟动物在分类上越接近,越意味着他们本身相似度高,基因相似度,细胞受体相似度都高,那么对于病毒来说,越容易感染,比如猩猩和人类共享的艾滋病毒HIV,绿猴和人类共享的马尔堡病毒、埃博拉病毒。

穿山甲,属于哺乳动物,这一点要更靠谱。

2、马来穿山甲会来到中国吗?

马来穿山甲,这本来是一种生活在东南亚的穿山甲,但是当中国人把自己土生土长的“中华穿山甲”吃光后,马来穿山甲也成了中国人的热宠。

据媒体于2018年12月19日报道,南宁海关自2016年以来截获穿山甲共2578只,主要是马来穿山甲。其实,走私穿山甲早已经是公开的秘密了,由于紧挨中国,生活在的东南亚的马来亚穿山甲,已经成为了部分中国人的新热宠。

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